金蝶KIS旗舰版包含：财务管理、成本管理、供应链管理、电子商务、商业零售管理、全网营销、微商城、微CRM、生产制造、HR、BOS、系统工具、系统管理，共13个子系统。

1. 财务管理包括：总账、报表、现金管理、网上银行、固定资产管理、应收款管理、应付款管理、财务分析，8个模块。

2. 成本管理包括：实际成本，1个模块。

3. 供应链管理包括：采购管理、客户管理、销售管理、仓存管理、存货核算、委外加工，6个模块。

4. 电子商务包括：订单服务、售后服务、财务服务、经营分析、订单100，5个模块。

5. 商业零售管理包括：

1）总部应用：商品管理、零售报表、零售进销调存，3个模块。

2）门店应用：后台PC端：门店系统，1个模块；前端收银：零售收银，1个模块；手机移动应用：微门店，1个模块。

6. 全网营销包括：促销管理、会员管理，2个模块。

7. 微商城包括：微商城，1个模块。

8. 微CRM包括：微CRM，1个模块。

9. 生产制造包括：生产数据管理、生产任务管理、物料需求计划，3个模块。

10. HR包括：人事薪资管理、考勤管理、自定义报表，3个模块。

11. BOS包括：BOS运行平台、BOS万能报表工具、BOS集成开发工具，3个模块。

12. 系统工具包括：短信中心、历史数据清除工具，2个模块。

13. 系统管理包括：加密管理、移动应用、用户管理，3个模块。
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